In Deutschland ist die Europäische Sumpfschildkröte akut vom Aussterben bedroht. Im seenreichen Brandenburg sind wenige individuenarme Restpopulationen in der Uckermark nachgewiesen. Demzufolge kommt dem Schutz der Sumpfschildkröte in Brandenburg eine ganz besondere Bedeutung zu.
Schon Ende des 18. Jahrhunderts wurde der Rückgang der Sumpfschildkrötenbestände in den Seenlandschaften Nordostdeutschlands beklagt. Hauptursache der Bestandsminderung ist die Zerstörung ihrer Lebensräume.
Im 19. Jahrhundert waren die Sumpfschildkrötenbestände erheblich durch Fischerei und Lebensraumverlust (Trockenlegung von Wasserläufen und Sümpfen) dezimiert. Als sich der gezielte Fang und Handel nicht mehr lohnte, wurden Sumpfschildkröten noch immer als vermeintliche Konkurrenten der Fischer verfolgt. Bis in die jüngste Vergangenheit ertranken zahlreiche Tiere als Beifang in den Reusen.
Der intensiven Land- und Forstwirtschaft, vor allem in den 60er- und 70er Jahren, fielen weitere noch vorhandenen Lebensräume zum Opfer. Gewässer wurden trockengelegt und Gelegeplätze aufgeforstet oder durch Ackerbau vernichtet. Schließlich dienten die letzten noch verbliebenen Brutplätze jagdlichen Zwecken, zum Beispiel Kirrungen und Salzlecken. Eine Vielzahl der aquatischen Lebensräume (Moore, Erlenbrüche, Weiher) ist noch heute bedroht durch die großräumige Entwässerung der Landschaft.
Nachdem Anfang der 1990er Jahre die großen Truppenübungsplätze und Staatsjagden zugänglich wurden, stellte sich mit hoher Brisanz die Frage, ob in Deutschland überhaupt noch einheimische Sumpfschildkröten-Populationen (Emys orbicularis) existierten. Möglicherweise gingen die wenigen aktuelleren Beobachtungen auch nur auf Einzeltiere zurück, die dank ihrer besonderen Langlebigkeit das Aussterben der Population überlebt hatten.
Trotz ihrer Seltenheit fallen auch heute noch Sumpfschildkröten der Fischerei zum Opfer. Als Beifang ertrinken sie in Fischreusen, die an den Rändern der Ufer aufgestellt sind. Auf ihrer Wanderung zum Gelegeplatz fielen in jüngerer Zeit mehrere Weibchen dem Straßenverkehr zum Opfer.
Vom Menschen angesiedelte Arten wie Waschbär, Marderhund und Mink erweitern das Spektrum der Fressfeinde beträchtlich. Waschbären haben gelernt, Schildkrötenpanzer zu knacken, die Eiablageplätze aufzuspüren und die Gelege zu erbeuten. Auch die gestiegenen Populationsdichten von Fuchs, Dachs und Schwarzwild sorgen für höhere Verluste.
Neben dem illegalen Tierfang erweist sich die Aussetzung fremdländischer Sumpfschildkröten als nachteilig. Von Nordafrika bis zum Kaspischen Meer sind zirka 15 Unterarten bekannt. Eine zusätzliche Bedrohung geht deshalb von importieren Sumpfschildkröten aus, da sich ausgesetzte Tiere der etwas kleineren mediterranen Unterart mit den wenigen Restbeständen der heimischen Sumpfschildkröte vermischen und damit die speziellen Anpassungen an das Klima in den Arealrandgebieten verlorengehen.